‘FETÖ/PDY silahlı terör örgütü üyesi olmak’, ‘Anayasal düzeni silah zoru ile ortadan kaldırmaya teşebbüs’, ‘Hükümeti ortadan kaldırmaya teşebbüs’ suçlamaları yöneltilen Mutlu, Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu savcılarından Fatih Tok tarafından 6 saat süren sorgulanmasının ardından çıkarıldığı mahkemede tutuklandı. Vali Mutlu, 26 Ağustos’ta gözaltına alınmış ve mal varlığına tedbir konulmuştu. Mutlu’nun Diyarbakır Valiliği döneminde (2007-2010) kamu kaynaklarını FETÖ dershanelerine gönderdiği iddia ediliyor.
Mutlu, 31 Mayıs 2010-15 Eylül 2014 arasında İstanbul Valisi’ydi Gezi protestoları sırasında attığı şiirli tweet’lerle dikkat çekmişti. Hüseyin Avni Mutlu ile birlikte valiler Yusuf Yavaşcan, Abdülkadir Demir, Fatih Şahin, Necmettin Kallan, Nurullah Çakır, Ahmet Aydın, vali yardımcısı Haluk Nadir, Bağcılar Kaymakamı Erdal Çakır, Sancaktepe Kaymakamı Feyzullah Özcan, Kadıköy Kaymakamı Bilal Kurubal da tutuklandı. Tutuklu Vali İbrahim Özçimen bu soruşturmadan da tutuklandı.
Vali Mutlu’nun hakimlik ifadesinde "Ben daha önce meslek hayatıma Kocaeli’nde kaymakam adayı olarak başladım. Bursa Büyükorhan Kaymakamlığı, daha sonra Amerika’da dil eğitimi için bakanlığım tarafından görevlendirildim. Bilahare Silopi Kaymakamı, Şırnak Vali Yardımcısı, Ecabat Kaymakamı, Çanakkale Vali Yardımcısı, Bağcılar Kaymakamı görevlerinde bulunduktan sonra Siirt ve Diyarbakır Valiliği görevlerinden sonra İstanbul Valiliği’ne 2010 Mayıs ayında atandım. 2014 Eylül ayında da Merkez Valiliği’ne tayin oldum. O tarihten itibaren de Merkez Valisi olarak görev yapıyorum" dediği öğrenildi.
