İstifa kararının ardından Mehmet Ali Aydınlar yazılı bir açıklama geldi. İşte Mehmet Ali Aydınlar'ın açıklaması;

"30 Ocak 2012 tarihinde yapmış olduğumuz TFF Yönetim Kurulu toplantısında, Spor Toto Süper Lig'de yer alan 17 kulübün ısrarları ve talepleri ve kamuoyundan gelen yoğun destek mesajları ile futboldaki kaos ortamının daha da derinleşmemesi için yönetime devam kararı almıştık.

Ancak aynı gün akşamında, bazı spor programlarındaki yorumcuların şahsıma hakarete varan söylemlerinin dozunu artırarak seviyesiz saldırıları, devam etmem konusunda yeniden düşünmeye sevk etti.

Ayrıca dün akşam bir haber kanalında, CAS Hakimi Sayın Av.Kısmet Erkiner'in açıklamalarını hayretler içerisinde izledim. Derhal bu açıklamaların doğruluğunu araştırdım ve ilgili raporun maalesef Federasyonumuza 6 Eylül ve 3 Kasım tarihlerinde ulaştığını bugün öğrendim. Böylece Sayın Erkiner'in ifadelerinin doğruluğunu tespit etmiş oldum. Kendisine uyarıları nedeniyle teşekkür ederim.

UEFA yetkililerinin bize karşı farklı, CAS'ta farklı tavır almaları, UEFA gibi Avrupa futbolunun çatı örgütü olan bir kuruluşun yapmış olduğu uygulamanın, içinde bulunduğumuz ortamın ne kadar güvensiz ve samimiyetsiz olduğunu gösterdi.

Güven ortamının bulunmadığı, birçok kişi ve kurumun çıkarları nedeniyle etik dışı davranmayı mübah saydığı bir ortama daha fazla tahammül etme imkanım ortadan kalkmıştır.

Gelinen nokta; hayata bakışım, iş yapış biçimim, etik anlayışım ve dünya görüşümle tezat bir görüntü oluşturdu ve böyle bir sürecin içerisinde yer almayarak bazı şeylere dikkat çekebilmenin çok daha önemli olacağı kararına vardım.

Bu nedenle 29 Haziran 2011'de başladığım Türkiye Futbol Federasyonu Başkanlığı görevinden istifa ediyorum. Umarım bu çıkışım, Türk futbolunun geleceğini doğru şekillendirmek adına, konuya zarar verenlerin bir kez daha netleştirilebilmesine yardımcı olur ve futbol ailesi, kendisi için en doğru yolu bulur.

Bugüne kadar beni destekleyen tüm kulüp başkanlarına, TFF delegelerine, yazılı ve görsel basına, olumlu eleştirileri ile bize yol gösteren yazarlara ve spor yorumcularına, tüm TFF çalışanları ile özellikle TFF Kurullarında görev yapan başkan ve üyelere ve de Yönetim Kurulu üyesi arkadaşlarıma teşekkür ederim."